Okno Projekt zobrazuje strom súborov patriacich do projektu, za predpokladu, že je projekt otvorený. V opačnom prípade je Okno Projekt zvyčajne skryté. Dvojitým kliknutím na ktorúkoľvek položku  okna Project, otvoríme príslušný súbor.

Okno Súbory zobrazuje strom súborov. Ak nie je otvorené projekt, strom súborov zvyčajne začína v koreňovom priečinku súborového systému, no môžeme to zmeniť v predvoľbách. Ak je projekt otvorený, okno zobrazuje všetky súbory v projekte. Dvojitým kliknutím otvoríme súbor v príslušnej aplikácii, v závislosti od toho, ako je to nastavené v predvoľbách GNOME MIME. Pravým kliknutím otvoríme kontextovú ponuku, z ktorej môžeme vybrať, ako chceme súbor otvoriť.

Okno Symboly zobrazuje strom dostupných symbolov v projekte vygenerovaných zo syntaktického analyzátora ctags. Dvojitým kliknutím otvoríme okno editora s príslušným súborom a riadkom.

V okne Symboly sa nachádza aj karta Hľadať kde môžeme hľadať symboly.

Okno Správy vypisuje všetky správy (výstupy stdout aj chyby stderr) pri spustení externého príkazu. Okno Správy je zvyčajne skryté, ale zjaví sa ihneď po spustení externého príkazu, napríklad pri kompilovaní súboru alebo projektu, ladení relácie, vyhľadávaniach a mnohých ďalších operáciách. Anjuta sem tiež v prípade potreby pridá aj svoje vlastné správy.

Farby použité na zobrazenie správ sú dôležité. Správy zobrazené štandardnou farbou popredia (zvyčajne čiernou) sú normálne správy. Správy zobrazené oranžovou farbou sú výstrahy a tie, ktoré sú zobrazené červenou farbou sú chyby. Výstražné a chybové hlásenia sú prepojené: dvojitý kliknutím na takúto správu, dostaneme príslušný súbor a číslo riadka určené v správe.

Napríklad pri kompilovaní súboru, ktorý obsahuje chyby, sa zjaví niekoľko červených správ, ktoré hovoria, aké problémy sú a kde nastali. Dvojitým kliknutím na takúto správu sa otvorí súbor a zvýrazní sa riadok obsahujúci chybu.

Okno Terminál je emulátor terminálu, kde môžeme zadať príkaz rovnako ako v aplikácii Terminál GNOME.