Otvorenie súboru: Keď chceme otvoriť existujúci súbor, zvolíme položku ponuky , na paneli s nástrojmi klikneme na tlačidlo alebo stlačíme Ctrl+O. Týmto zobrazíme dialógové okno Otvoriť súbor.
Vyberieme alebo zadáme názov súboru, ktorý chceme otvoriť, a potom klikneme na . Keď chceme naraz otvoriť viac ako jeden súbor, vyberieme viacero súborov držaním klávesu Ctrl a kliknutím na každý súbor. Potom stlačíme . Keby sme si to rozmysleli, môžeme kliknúť na , čím zatvoríme dialógové okno bez otvorenia súboru.
Prostredníctvom kontextovej ponuky, ktorá sa objaví keď pravým tlačidlom klikneme v dialógovom okne Otvoriť súbor, môžeme povoliť voľbu Zobraziť skryté súbory. Táto voľba umožní vidieť skryté súbory (súbory začínajúce ".") v zozname súborov. Zrušením tejto voľby skryté súbory opäť skryjeme. Dialógové okno Otvoriť súbor má zabudovaný filter typov súborov. V dialógovom okne vyberieme príslušný filter typu súboru a zoznam súborov sa zúži na súbory vybraného typu.
Ukladanie súborov: Keď chceme súbor uložiť, zvolíme položku ponuky , na paneli s nástrojmi klikneme na tlačidlo alebo stlačíme Ctrl+S. Týmto sa súbor uloží. Ak je súbor nový, zobrazí sa dialógové okno Uložiť ako. Zadáme názov súboru a klikneme na , čím uložíme nový súbor pod zadaným menom.

Aj keď máme zapnuté automatické ukladanie, program Anjuta nebude ukladať žiadne nové súbory. Najskôr ich musíme uložiť ručne. To isté platí pre voľbu : program Anjuta neuloží nové súbory, ak sme ich najprv neuložili ručne. Najskôr musíte súbory uložiť ručne, aby automatické ukladanie alebo voľba mohla s nimi pracovať.
Uloženie súboru pod iným názvom: Súbor môžeme uložiť aj priamo pod novým názvom súboru. Keď to chceme urobiť, zvolíme položku ponuky . Zjaví sa dialógové okno Uložiť ako, ktoré nás vyzve, aby sme zadali nový názov súboru. Zadáme názov a klikneme na .
Keď použijeme pri existujúcom súbore, pôvodný súbor sa nezmaže. Zostane nezmenený od posledného uloženia. Ak súbor s novým názvom už existuje, zobrazí sa potvrdzovacie dialógové okno s otázkou, či naozaj chceme súbor nahradiť. Kliknutím na prepíšeme pôvodný súbor ukladaným súborom.
Zatvorenie súboru: Keď chceme súbor zatvoriť, vyberieme položku ponuky alebo paneli s nástrojmi klikneme na tlačidlo . (Súbor môžeme zatvoriť aj tak, že klikneme na X na karte s názvom súboru). Týmto zatvoríme aktuálny súbor. Ak súbor nie je uložený alebo je nový, program Anjuta sa spýta, či súbor chceme pred zatvorením uložiť.