Anjuta má mocný zásuvný modul s názvom Správca projektu, ktorý dokáže otvoriť väčšinu projektov založených na automake/autoconf. Môže zlyhať len pri niektorých zvláštne nakonfigurovaných projektoch, no od doby, ako projekty používajú automake/autoconf typickým spôsobom, mal by fungovať.

Výhodou programu Anjuta je aj to, že okrem informácií ktoré sú už obsiahnuté v štruktúre projektu, neukladá žiadne ďalšie informácie. To znamená, že program Anjuta neoddeľuje informácie o projekte a všetko spracováva priamo v štruktúre projektu. Vďaka tomu môže byť projekt spravovaný alebo vyvíjaný aj bez programu Anjuta, bez potreby konverzie do alebo z formátu používaného programom Anjuta. Vďaka tomu, že projekty Anjuta sú technicky vlastne projektami automake, je projekt možné vyvíjať oboma spôsobmi (pomocou programu Anjuta aj bez neho) alebo sa bez akýchkoľvek prekážok prepínať medzi programom Anjuta a ďalšími vhodnými nástrojmi.