Zásuvný modul sprievodcu projektom používa mocný nástroj na spracovanie šablón s názvom autogen. Všetky nové projekty sa vytvárajú zo šablón, ktoré boli napísané pomocou syntaktických pravidiel nástroja autogen. Sprievodca projektom nám umožňuje vytvoriť nové projekty vybraním z ponuky dostupných šablón projektov. Výber obsahuje bežné jednoduché projekty, ploché projekty (bez podpriečinkov), projekty GTK+, GNOME, Java, Python a ďalšie. Nové šablóny sa dajú jednoducho stiahnuť a nainštalovať, pretože každá šablóna je iba sadou textových súborov.
Keď chceme vytvoriť projekt, zvolíme položku ponuky , čím spustíme sprievodcu. Pozorne si prečítame prvú stránku a pokračujeme kliknutím na .
Na druhej stránke si vyberiem typ aplikácie, ktorú chceme vytvoriť a pokračujeme kliknutím na .
Na nasledujúcich stránkach zadáme všetky potrebné podrobnosti o našom projekte. Tieto nastavenia môžeme zmeniť aj neskôr, ale odporúča sa nastaviť ich správne hneď na začiatku aby sa zachovala integrita projektu. Biele medzery alebo akékoľvek znaky okrem znaku podčiarknutia (_) a pomlčky (-), nie je v mnohých poliach možné použiť (snáď okrem poľa Autor).
Môžeme tiež nastaviť, či náš projekt bude umožňovať lokalizáciu pomocou systéme gettext (viac o tomto systéme je na stránke gettext info page). Týmto umožníme aby sa náš projekt dal preložiť aj do iných jazykov ako napríklad do angličtiny, francúzštiny alebo nemčiny. Zvyšné možnosti hovoria o tom, či sa má na vrchu každého zdrojového súboru a v ponuke pracovného prostredia GNOME zobraziť vyhlásenie o licencii GNU. Podpora zdieľaných knižníc nám umožní neskôr do projektu pridať zdieľané knižnice. Ak plánujeme, že v projekte budeme mať knižnice, je dobré túto voľbu zapnúť. V závislosti od typu vytváraného projektu si program Anjuta môže vyžiadať aj ďalšie informácie.
Posledným krokom je overenie informácií, ktoré sme zadali. Kliknutím na spustíte generovanie projektu.
Po vygenerovaní projektu sa ho môžete pokúsiť zostaviť a spustiť.
Funkcia importu projektu sa používa na import už existujúceho projektu a jeho konverziu do projektu programu Anjuta. Sprievodcu importovaním projektu vyvoláme prostredníctvom ponuky a budeme postupovať podľa inštrukcií, ktoré bude vyžadovať sprievodca. Po naimportovaní projektu ho môžeme v otvoriť v programe Anjuta ako ktorýkoľvek iný projekt.
Funkcia importovania projektu funguje iba ak existujúci projekt používa autoconf/automake alebo vo veľmi malej miere Makefile.