Program Anjuta pracuje s projektami autotools. Je schopný sa vysporiadať aj sinými druhmi projektov, ako sú napríklad projekty používajúce používateľmi napísaný Make súbor, ale aktuálne rozhranie je zamerané na projekty autotools. Je dobré keď budeme mať o tomto type projektu nejaké poznatky, aby sme lepšie pochopili akým spôsobom sa projekt zostavuje.

Projekty typu autotools sa zostavujú v troch krokoch:

Zostavenie je hlavný krok, pri ktorom sa zo zdrojových súborov vygenerujú cieľové súbory. Môžeme ho rozdeliť do dvoch podkrokov: Kompilovanie a linkovanie. V podkroku kompilovanie sa z každého zdrojového súboru vytvorí objektový súbor. Napríklad zo súboru ahoj.c sa po skompilovaní vytvorí súbor ahoj.o. Zvyčajne sa o tieto objektové súbory nemusíme zaujímať, pretože sú len akýmisi medzisúbormi. V podkroku linkovanie sa pospájajú všetky objektové súbory a knižnice a vytvorí sa konečný spustiteľný súbor. Niektoré programovacie jazyky nepotrebujú podkroky kompilovania a linkovania. Navyše krok zostavenie sa môže použiť na vytvorenie aj iných súborov, ako napríklad dokumentácia, pri ktorých takéto podkroky nie sú potrebné.

Konfigurácia je krok, pri ktorom strom zdrojových súborov upraví podľa potrieb nášho systému. Projekty typu autotools sa dajú zostaviť na najrôznejších systémoch pomocou rôznych kompilátorov s použitím rôznych funkcií z knižníc. V tomto kroku sa spúšťa skript s názvom configure, ktorý kontroluje rôzne charakteristiky nášho systému a vytvorí niekoľko súborov potrebných na zostavenie (ako napríklad Makefile a config.h). Tento krok sa tiež používa na nastavenie volieb zostavenia. Pomocou týchto volieb môžeme zakázať optimalizáciu aby sa program dal ľahšie ladiť alebo zakázať niektoré experimentálne časti programu.

Generovanie je krok, pri ktorom sa vytvorí konfiguračný skript a ostatné súvisiace súbory. Konfiguračný skript, popísaný vyššie, sa musí dať spustiť na najrôznejších systémoch a skontrolovať veľa vecí. Napísať ho ručne by mohlo byť veľmi náročné. Navyše autotools vyžaduje niektoré pravidlá ohľadne organizácie projektu – napríklad prítomnosť rôznych súborov: NEWS a COPYING. Zahŕňa niekoľko nástrojov na vytvorenie potrebných súborov z jednoduchších súborov, ktoré vytvárajú vývojári – napríklad configure.in (alebo configure.ac) a Makefile.am. Všetky tieto nástroje sa najčastejšie spúšťajú zo skriptu z názvom autogen.sh, ktorý sa nachádza v priečinku s projektom. Tento krok je užitočný iba pre vývojárov (niektorí upravujú zdrojové súbory), pretože konfiguračný skript závisí iba od zdrojových súborov a je distribuovaný spolu balíkom projektu. Súbory make vytvorené pomocou configure obsahujú niektoré pravidlá na automatické opätovné vygenerovanie projektu v prípade potreby, preto často nie je potrebné spúšťať ho znova priamo.

Viac podrobností o tom, ako tieto nástroje pracujú, sa nachádza na info stránkach automake a autoconf.