FreeBSD umožňuje inštalovať softvér z predkompilovaných balíčkov alebo ho jednoducho zostaviť pomocou systému portov. Oba prístupy sa dajú navzájom kombinovať a pri ich využívaní je možné použiť množstvo nástrojov. Viac informácii sa nachádza v časti príručky s názvom Inštalácia aplikácií: Balíčky a porty.