Okno s nastaveniami nám umožňuje nastaviť:

Ak máme v počítači viacero CD mechaník, rozbaľovací zoznam CD mechanika nám umožňuje zvoliť tú, ktorú chceme použiť. Zaškrtávacie polia umožňujú nastaviť, ako sa bude program správať po dokončení extrahovania.
Rozbaľovací zoznam Priečinok s hudbou umožňuje vybrať priečinok, do ktorého sa budú ukladať zvukové súbory. Zvolíme niektorý priečinok zo zoznamu, alebo zvolíme Iný... a vyhľadáme priečinok pomocou dialógového okna. V predvolenom stave sa súbory budú ukladať do priečinka Hudba, ktorý sa nachádza v domovskom priečinku.
Časť Názvy stôp umožňuje nastaviť aký spôsobom sa budú tvoriť názvy súborov a do akých podpriečinkov sa uložia. Program Sound Juicer dokáže súbory ukladať do samostatných priečinkov, čo nám pomôže zachovať si poriadok v hudbe. Pomocou rozbaľovacieho zoznamu Hierarchia priečinkov môžeme nastaviť, akým spôsobom sa majú tieto priečinky vytvárať a podľa čoho majú byť pomenované. V predvolenom stave program Sound Juicer vytvára priečinok pomenovaný podľa umelca albumu a v ňom podpriečinok podľa názvu albumu.
Pomocou rozbaľovacieho zoznamu Názov súboru môžeme nastaviť, podľa čoho majú byť nazvané súbory. V predvolenom stave program Sound Juicer použije číslo stopy, pomlčku a názov skladby.
Zaškrtávacie pole zaškrtneme, ak chceme, aby program Sound Juicer z názvov odstránil špeciálne znaky (napríklad medzery a diakritiku). Toto je užitočné najmä vtedy, ak chceme súbory preniesť do prenosného zariadenia alebo na iný počítač, na ktorých platia určité obmedzenia pre názvy súborov.
Aj keď nie je zaškrtnuté pole , program Sound Juicer z názvov súborov odstráni znak /. Tento znak nemôže byť použitý v názvoch súborov v systémoch UNIX, Linux a podobných.
Na konci časti Názvy stôp sa nachádza príklad cesty. Tento príklad názorne zobrazuje, ako môže vyzerať názov súboru a kam bude umiestnený, v závislosti od toho, ako sú nastavené parametre Hierarchia priečinkov, Názov súboru a .
Môžeme si zvoliť, aký formát zvukového súboru program Sound Juicer použije na ukladanie zvukových stôp do počítača. Existuje mnoho formátov a každý má svoje výhody. Ponuka dostupných formátov môže byť rôzna, no zvyčajne sú k dispozícii nasledujúce voľby:
Táto voľba je predvolená. Ogg Vorbis, podobne ako ostatné stratové formáty (ako MP3 a AAC) odstraňuje niektoré informácie z pôvodných zvukových údajov. Vďaka tomu zvukový súbor nie je dokonalou kópiou CD zvuku, no rozdiel je pre väčšinu poslucháčov nerozpoznateľný. Vďaka tejto vlastnosti majú súbory v stratovom formáte veľmi malú veľkosť.
Formát Ogg Vorbis je predvoleným formátom v programe Sound Juicer. Ogg Vorbis je otvorený formát vyvinutý organizáciou Xiph.Org Foundation a je zameraný na vytváranie súborov s menšou veľkosťou a väčšou kvalitou ako majú ostatné stratové formáty. AJ keď nie je taký rozšírený ako formát MP3, väčšina softvérových prehrávačov súbory vo formáte Ogg Vorbis dokáže prehrať. Dokážu ho prehrať aj mnohé hardvérové prehrávače.
Na stránka Xiph.Org sa nachádza zoznam softvérových prehrávačov, prenosných hardvérových prehrávačov a statických prehrávačov, ktoré formát Ogg Vorbis podporujú.
Zvukový formát FLAC je bezstratový formát. Žiadne zvukové údaje sa pri konvertovaní do formátu FLAC nestratia, aj napriek tomu, že výsledný zvukový súbor je skomprimovaný na 70%. FLAC a ostatné nestratové formáty sú populárne v prípadoch, keď je potrebná vysoká kvalita zvuku, no súbory musia byť komprimované, aby sa šetrilo miesto na disku a aby sa skrátil čas prenosu cez sieť.
Zvukový formát AAC (skratka od Advanced Audio Coding) je štandardizovaný stratový formát. Jedná sa o nástupcu formátu MP3, ktorý dosahuje vyššiu kvalitu zvuku ako formát MP3. Formát AAC podporuje mnoho softvérových aj hardvérových prehrávačov.
Profil hlasového výstupu produkuje menej kvalitné mono zvukové súbory. Túto voľbu môžeme použiť pre zvukové lekcie, nahovorené knižné príbehy, rozprávky a podobne, pri ktorých strata kvality nie je podstatná.
Zvukový formát MP3 je stratový formát. Je veľmi rozšírený a populárny, najmä preto, lebo ho používajú prenosné prehrávače.
Ak chceme upraviť parametre zvukových formátov, môžeme kliknúť na tlačidlo . Editor profilov poskytuje priami prístup ku konverzii zvuku. Profily sú definované dátovými linkami knižnice GStreamer. GStreamer je systémová knižnica, ktorú používa program Sound Juicer a ostatné multimediálne aplikácie. Vysvetlenie toho, čo sú to zvukové profily, je nad rámec tejto príručky.